ביום א', פרשת ויצא, נפטר בירושלים הרב הגאון ר' שילה רפאל ז"ל, והוא רק בן חמישים וארבע הוא הובא לקבורה בו ביום בחלקת חסידי גור בהר המנוחות על אף מזג האויר הקשה ליוו אלפי אנשים, בתוכם רבנים, אדמו"רים וראשי ישיבה את ארונו בהתאם לרצונו של המנוח לא נישאו הספדים.
פטירתו ללא עת של הרב הגאון שילה רפאל, היא אבדה גדולה, לא רק לבני משפחתו ולידידיו הרבים, אלא לכלל ישראל.
תלמיד חכם מצויין בעל ידיעות גדולות עד מאד, מוכתר במדות תרומיות, סופר בעל כשרון ומרצה מזהיר, נתמנה למשרות רבניות חשובות אילו היה מאריך ימים היה בודאי ממלא תפקידים רמים עוד יותר בעולם התורה.
המנוח היה נכדו היחידי של הרב י. ל. מימון ז"ל ובנו של ד"ר יצחק רפאל, שניהם מראשי ומנהיגי ה"מזרחי", ששימשו שרים בממשלות ישראל הוא למד ב"ישיבת הדרום" ברחובות, ב"קול תורה" בירושלים – שם התקרב מאד אל הגרש"ז אויערבאך, פוסקה הנודע של עיר הקודש – בישיבת חברון ובכולל של "יד הרב מימון", אשר בראשו עמד הגרי"ב זולטי ז"ל.
הכולל פירסם קובץ של חידושי תורה בשם "בית התלמוד", שיצאו ממנו שבעה כרכים (תשכ"ה- תשל"א) המנוח היה אחד מעורכיו ותרם לו מפרי עטו.
בזמן שלמד בישיבת חברון נמשך לחסידות גור היה כרוך מאד אחרי האדמו"ר מגור, בעל "בית ישראל" זצ"ל אחרי הסתלקות האדמו"ר זצ"ל כתב עליו כי היה "מאיר דרכי ומורה נתיבתי במשך ח"י שנים".
היתה זו סנסצי' לא קטנה בירושלים כאשר נודע כי בנם ונכדם של מנהיגי "מזרחי" היה לחסידו של האדמו"ר מגור, שהיה מעמודי התווך של "אגודת ישראל".
הוא הוסמך להוראה על ידי הרבנים הגאונים הגרש"י זוין זצ"ל, עורך ה"אנציקלופדי' התלמודית" הגרי"ב ז'ולטי זצ"ל, רבה של ירושלים, ויבל"ח הראשון לציון, הגר"ע יוסף. כאשר ביקש את הגרש"י זוין להסמיך אותו, אמר לו הלה "יש שתי דרכים לבחון מועמד לסמיכה משוחחים עמו בדברי תורה וכך עומדים על ידיעותיו, או נותנים לו בחינה, פשוטה כמשמעה אנחנו נעשה שני הדברים יחד". הרב זוין בחן ושוחח בדברי תורה עם שילה במשך כמה שעות "באתי אל ביתו של הרב זוין בשעות הערב המוקדמות ויצאתי מאיתו – וכתב הסמיכה בכיסי – מאוחר בלילה", סיפר לי הרב שילה רפאל.
בשנת תש"ל נתמנה רבה של שכונת "קרית משה" בירושלים באותו זמן גם שירת – לאחר שעבר אימונים צבאיים – כרב צבאי בחיל המילואים בשנת תשל"ט נתמנה דיין בתחילה שימש בבית הדין ברחובות ולאחר מכן בירושלים, בשנת תשמ"ט נבחר אב"ד בבית דין המחוזי של ירושלים.
פסקי דיניו – מהם שנתפרסמו ב"פסקי דין של בתי הדין הרבניים בישראל" זכו לשבחים מרובים מוניטין יצאו למאמציו הרבים להשכין שלום בין איש לאשתו ולעמלו הרב לעזור לנשים עזובות שבעליהן סרבו לתת להן גט הוא דן בענינים אישיים של עולים מברית המועצות, ויצא לשם כדי לעמוד מקרוב בעיות מסוימות.
בעתונות הישראלית נמסר אחרי מותו כי הוא עמד להתמנות דיין בבית הדין הגדול בירושלים.
החל משנת תשכ"ו הירצה כמעט כל שנה בכינוסים לתורה שבעל פה שמוסד הרב קוק מארגן מדי שנה מאז תשי"ח, הרצאותיו של הרב רפאל והרצאות יתר המשתתפים נדפסו בחוברות הנושאות את השם "תורה שבעל פה".
הוא הוציא חידושי הריטב"א על מסכתות חולין ובבא-מציעא מבוססים על כתבי יד בתוספת מבואות, הערות וציוני מקורות חשובים, והשתתף ב"סיני", "מורי', "תחומיך", "שרידים (בטאונם של רבני אירופה, ועוד כתב, בין היתר, מסות נפלאות על הגרש"י זוין ז"ל, על הגרי"י ויינברג ז"ל, אצלו ביקר בשנת תשי"ח, ועל שיטת לימודו של הגרי"י ריינס ז'ל.
לפני כמה חדשים, כאשר ביקרתי בירושלים, אמר לי פרופ' דב הימן, רופא תלמיד חכם, בנו של בעל "תולדות תנאים ואמוראים", "דע לך כי הרב שילה רפאל הוא חולה מאד. ימיו ספורים למרבה הפלא הוא אדיש לגמרי לגבי מצבו".
כאשר נפגשתי עם הרב רפאל היה נראה כמו תמיד ידידותי, עליז, חיוך קל מרחף על שפתיו כשהרגיש שאני יודע על מחלתו, אמר אל תדבר, אבא ואמא אינם יודעים"', הוריו אמנם ידעו כי הוא חולה, אך הוא הסתיר מהם כי מחלתו אנושה ואין לה מרפא.
כמה ימים אחרי שמחת תורה הוביל בת לחופה. רעיתי ואני השתתפנו בשמחה היתה זו חתונה גדולה ויפה.
כעבור חמשה שבועות נפטר.
לאחר מותו גילו בעתונים כי האדמו"ר מגור, בעל "בית ישראל", זצ"ל, אמר פעם לשילה כי יש לו עוד שלושים שנה הרב רפאל שמר את הדברים גם הכניסם למחברת בה רשם מדברי האדמו"ר, אומרים כי אדישותו של הרב רפאל לגבי מחלתו הממארת בחדשים האחרונים של חייו, יסודה היתה בידיעה שמסר לו האדמו"ר זצ"ל.
הוא השאיר הורים, רעיתו חיה מינה – בתו של הרב אהרן כ"ץ ונכדה של הגר"ר כ"ץ ז"ל, רבה של פתח תקוה חמש בנות, בן, חתנים ונכדים יהי זכרו ברוך.
הרב ט פרשל מתוך הפרדס חוברת ה' שנה ס"ט